Yapılacak ameliyat tekniği, diş kistinin hangi tipte olduğuna göre değişir. Ameliyat öncesinde antibiyotik kullanımı gerekmektedir. Daha sonrasında diş eti kesilerek iç tabakaya yerleşmiş olan kist, çevre dokulara ve sinirlere zarar vermeden temizlenir. Operasyon, dikiş işlemi ile sonlandırılır.