Kullanılacak anestezi yöntemi kistin büyüklüğüne göre değişmektedir. Alınacak kist fazla büyümüşse genel anestezi tercih edilmektedir. Eğer kistin boyutu küçükse lokal anestezi tercih edilir. Hangi anestezi yöntemi tercih edilirse edilsin hasta, işlem sırasında hiçbir ağrı duymaz.