Sebebi anlaşılamayan kanal tedavisi başarısızlıklarında apikal rezeksiyon yapılmaz. Öncelikle başarısızlığın sebebi belirlenmelidir. Anatomik oluşumların konumları, dişin kökünün kısa olması, özellikle zaten sallanması olan dişlerse sıkıntı oluşturacaktır. Ayrıca sistemik hastalıklar durumunda uygulama yapılmamaktadır.